Politkovskaja surma võisid soovida ka Vene
miilitsad ja Tšetšeenia nukuvalitsuse liikmed.
Politkovskajale võisid kättemaksu soovida Nižnevartovski miilitsad, kelle kolleegid istuvad tema kirjutiste tõttu praegu trellide taga, vahendas Eesti Päevaleht Kommersanti. Konkreetselt on kahtluse all Sergei Lapin, kes kannab Politkovskaja poolt paljastatud tšetšeeni tsiviilisikute tapmise eest 11-aastast vangistust. Veel redus olles saatis ta ajakirjanikule tapmisähvardustega meile, milles andis talle kümme päeva oma väidete tagasivõtmiseks
Kommersandi väitel peavad uurijad tõenäoliseks ka hoopis teist laadi versiooni. Nimelt võisid Politkovskaja mõrvata president Vladimir Putini ja Kadõrovi vastased, kes ajastasid tapmise spetsiaalselt Putini sünnipäevaks, et presidenti lääne silmis eriti kompromiteerida. Selles kontekstis on jäänud kõlama eksiili põgenenud endise oligarhi Boriss Berezovski nimi.Ajakirjandusse jõudnud andmete põhjal pole uurijad palgamõrva uurimisega kuigi kaugele jõudnud. Turvakaamerale jäänud võimaliku tapja pilt erineb kirjeldustest, mis on kogutud tunnistajatelt. Uurijad usuvad, et operatsioonis osales kaks rühma: ühed jälitasid teda autos ja andsid infot teistele, kes ootasid Politkovskajat lifti ees.